故事围绕着19世纪末，与海盗船一同沉入新加坡海域的世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。当当地富豪进行回收，又让这颗宝石重现世间的时候……在新加坡金沙竟然发生了杀人事件，现场留下沾血的怪盗基德的预告函。这时，小兰和园子为了观战空手道淘汰赛到访新加坡。没有护照不能出国的柯南本来应该留在日本，可是基德打算利用柯南——于是使用了魔术一般的方法，将柯南强制带到新加坡境内。如果不对基德唯命是从，就无法回到日本——柯南的眼镜、手表、衣服全部被没收，进行了变装。这并没有被小兰识破，当小兰问其名字时，柯南脱口而出「我叫阿瑟·平井」。（阿瑟柯南道尔+江户川乱步的本名平井？！）不久，基德获悉了在某宅邸的地下金库藏着这颗宝石的情报。以为轻轻松松就可以成功侵入的基德，此时正有无比危险的陷阱在等着他……
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